La FBF determino que solo los campeones de los Torneos Profesionales de Bolivia participen.
La CONMEBOL determino que para la Copa Libertadores 1966 participen Campeon y Subcampeon de Cada pais.
En 1965 Santa Cruz da el salto al profesionalismo y Oriente Petrolero participa como campeón de Santa Cruz.
Campeón: Municipal
Clasificados a Copa Libertadores 1966: Municipal y Wilstermann